高新认定工作指（362 号文）明确了原高新技术企业资格尚未到期的老高新技术企业可根据国发[2007]39号文的规定享受一定的过渡性政策。2007 年底前，在旧税法下可享受两年免税待遇的老高新技术企业，可根据国发[2007]39 号文赋予的过渡政策享受自获利年度起两年的免税待遇。原高新技术企业资格认定的有效期为两年。如果这些企业欲在该优惠期满后享受15%的低税率待遇，则其必须提前或在原高新技术企业资格到期之后，根据新的高新技术企业认定管理办法，重新申请并取得高新技术企业资格；否则只能适用 25%的普通税率。
    对于设立在北京新技术产业开发试验区的外商投资企业，如果其在2007 年底前已经取得新技术企业资格，并且该资格在过渡期内始终有效，那么原有的新技术企业税收优惠可享受至过渡期满。期满后，企业需按照新规定重新申请高新技术企业的认定。取得新高新技术企业资格后，可使企业享受15％的优惠税率。若企业在原新技术企业资格期满之后未能重新取得高新技术企业资格，那么即使在过渡期内，该企业也需要开始适用 25％的企业所得税税率。
    362 号文同时明确，根据国发[2007]40 号文，2008 年 1 月 1 日（含）之后在“5＋1 地区”完成登记注册，并取得高新技术企业资格的企业，自取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第二年免征企业所得税，第三年至第五年享受12.5%的优惠税率。鉴于高新技术企业资格的有效期只有三年，因此企业必须在三年有效期满后立即重新取得高新技术企业资格，方能享受余下的税收优惠。
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