高新技术企业认定管理工作指引（362 号文）对核心知识产权作出了更具体的规范。其中，在中国境内注册的核心知识产权包括了发明、实用新型、以及非简单改变产品图案和形状的外观设计（主要是指：运用科学和工程技术的方法，经过研究与开发过程得到的外观设计）、软件著作权、集成电路布图设计专有权、植物新品种。发明、实用新型、外观设计专利可以在国家知识产权局网站查询其真实性。对于软件著作权，也可以在国家版权局中国版权保护中心的网站查询软件著作权标记，检验其真伪。任何一项用于申请高新技术企业资格的核心知识产权必须在其有效保护期内。该注册条件似乎将技术诀窍及其他未注册的知识产权排除在评估的“门槛指标”之外，但技术诀窍却包括在引导指标中关于“科技成果转化能力”的评价之中。
362 号文对 172 号文中“独占使用权”进行了明确，这也是高新技术企业认定中最具争议的部分之一。362 号文扩大了五年独占使用权的地域范围，简单的说，独占使用权并非指在中国境内独占使用，而是在全球范围内的独占许可权利。这项始料未及的规定意味着，在实践中几乎大部分外商投资企业可能无法符合这一高新技术企业的认定标准，因为很少有外国的母公司愿意将一项技术的全球独占使用权许可给其中国子公司。
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