在实务中，业内人士对股权转让协议的效力与办理工商变更登记的关系存在不同观点，本文结合这样一个案例加以说明。某房地产公司注册资本为1000万元，有甲乙丙三个股东，甲乙各拥有40%股权，丙拥有20%股权。2002年经甲乙协商，甲将其20%股权转让给乙，这样甲还拥有20%股权，乙拥有60%股权，丙拥有20%股权。2003年，经甲乙丙共同决定，甲将其剩余20%股权转让给丁。这两次股权转让，当事人都履行了付款义务，丁也实际参与了房地产公司的经营管理，但两次股权转让当事人均未到工商部门办理变更登记手续。五个月后房地产公司经营状况恶化，乙、丁先后提出甲与他们的股权转让未办理工商变更登记手续，转让协议无效，要求甲返还股权转让价款。三方协商不成，遂引起纠纷。
      对于该案有三种观点。观点一认为该两次股权转让虽是当事人真实意思表示，但违反了国务院行政法规《公司登记管理条例》第三十一条之规定：“有限责任公司变更股东的，应当自股东发生变更之日起三十日内申请变更登记，并应当提交新股东的法人资格证明或自然人的身份证明。”因此这两次股权转让协议均无效，甲所收取的股权转让价款应予返还。观点二认为甲与乙的股权转让协议有效，而甲与丁的股权转让协议无效，其理由是《公司法》第三十五条规定：“股东之间可以相互转让其全部出资或者部分出资。”甲向乙转让20%股权符合法律规定。而且该20%股权转让后，甲仍是某公司股东，即股东并未变更，而《公司登记管理条例》第三十一条要求的工商变更登记，是对变更股东而言的，因此甲与乙之间的股权转让协议有效。而甲与丁之间的股权转让，因为股东变更但未办理工商变更登记手续，因此股权转让协议无效。甲应当向丁返还股权转让价款。观点三认为尽管《公司登记管理条例》规定有限责任公司变更股东，应当自股东发生变动之日起三十日内申请变更登记。但最高人民法院《关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释（一）》第九条规定：“法律、行政法规规定合同应当办理登记手续，但未规定登记后生效的，当事人未办理登记手续不影响合同的效力，合同标的物所有权及其他物权不能转移。”可见，甲与乙、甲与丁的股权转让协议合法有效，当事人应当履行股权转让协议并办理工商变更登记手续。
     本文同意观点三的意见，股权转让协议合法有效，甲所收取的股权转让款不应返还。乙和丁各自享有甲在某公司中的20%股权及对应的可得利益。甲可与丁协商或通过诉讼途径办理工商变更手续。但在工商变更登记之前，该股权转让行为不能对抗第三人。另外，对于观点二所提出的甲与乙的股权转让无需办理工商变更登记的主张，本文认为按现行法律规定是正确的，但这确属立法技术上的漏洞，但实务中通常也都办理工商变更登记手续。试想如果某股东在某大型企业中拥有90%股份，在涉及经济纠纷时，可简单地通过一纸协议将其80%的股权转让出去，从而规避债务，在社会公示的工商登记中又无法查询，社会经济秩序无法得到保证。这一法律问题正是需要公司法及配套法规修改时应给予充分重视并解决的众多问题之一。